Τ.Α1.1 Τμήμα Αρχαιολογικό: Μεσόγειος-Αιγαιακός κόσμος-Κρήτη-Πολιτισμικοί Ορίζοντες-Οικιστική-Αρχιτεκτονική--Τ.Α1.2 Τμήμα Αρχαιολογικό : Ιερά-Θρησκευτικό Τελετουργικό-Τάφοι Ταφικό Τελετουργικό-Σκελετικά Κατάλοιπα--Τ.Α1.3 Τμήμα Αρχαιολογικό : Σώμα-Κινήσεις-Αισθήσεις-Ένδυση-Τέχνη-Εικονογραφία-Σφραγιδογλυφία-Γραφή-Διοίκηση--T.Α1.4: Κεραμική-Τεχνολογία Αρχαιολογία και προηγμένες τεχνολογίες-Οικονομικά τοπία-Ιστορία της έρευνας-Θεωρητικές επιστήμες--T.A2.1 Τμήμα Αρχαιολογικό: Επιφανειακές γωφυσικές έρευνες-Τοπογραφία Οικιστική οργάνωση-Αρχιτεκτονική Κρήτη-Αιγαίο-Ανατολική Μεσόγειος--Τ.Β1: Τμήμα Βυζαντινών και Μέσων Χρόνων: Ιστορία.
Τ.Γ1: Νεότεροι χρόνοι-Σύγχρονη εποχή Η Κρήτη στο 1821 , Η Μεγάλη επανάσταση του 1866 , Ο Ελευθέριος Βενιζέλος της Κρήτης και της Ελλάδας , Η Κρήτη στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο , Κρητική Πολιτεία-Μεσοπόλεμος-Μετακατοχική περίοδος: Ζητήματα έρευνας και προβληματισμού , Η εκπαίδευση στην Κρήτη από το β' μισό του 19ου αιώνα στον Μεσοπόλεμο , Η εκπαίδευση στην Κρήτη από τον 20ό αιώνα , Κρήτες λογοτέχνες 18ος-20ός αι.